Ngoài ngoại lệ là loài Hemiscorpius lepturus có nọc độc hoại tế bào, tất cả các loài bọ cạp khác đều có độc làm hủy thần kinh. Những độc tố ảnh hưởng đến thần kinh này chứa một lượng nhỏ protein, natri và cation kali. Bọ cạp dùng nọc độc của nó để giết hoặc làm tê liệt con mồi; hành động này khá nhanh và hiệu quả.

Thật may mắn là nọc độc của đa số loài bọ cạp vô hại đối với con người, tuy nhiên nó có thể gây ra các phản ứng khác như đau, tê cứng hay sưng phồng. Một vài loài bọ cạp, chủ yếu trong họ Buthidae có thể gây nguy hiểm tới con người. Những loài bọ cạp nguy hiểm nhất là Leiurus quinquestriatus - có nọc độc mạnh nhất trong họ Buthidae, và các loài trong chi Parabuthus, Tityus, Centruroides, đặc biệt là Androctonus - cũng có nọc độc mạnh. Loài bọ cạp giết người nhiều nhất là Androctonus australis, hoặc loài bọ cạp đuôi béo Bắc Phi. Nọc độc của Androctonus australis chỉ bằng một nửa so với Leiurus quinquestriatus, nhưng người bị nó chích có thể chết. Bọ cạp thật ra không đủ nọc để giết chết một người trưởng thành khỏe mạnh. Một vài người bị dị ứng với bọ cạp có thể chết nhanh hơn. Triệu chứng đơn giản nhất sau khi bị bọ cạp chích là chỗ đau tê cứng trong vài ngày. Bọ cạp nói chung khá nhút nhát và vô hại, chúng chỉ chích khi bắt mồi hay tự vệ. Trong trường hợp nguy hiểm, bọ cạp thường bỏ chạy hoặc đứng yên.

Bọ cạp có khả năng điều chỉnh lượng nọc chích, thông thường 0,1-0,6 mg. Đó cũng là một gợi ý về giả thiết bọ cạp để dành nọc độc của mình trong những trận giao tranh khác. Bọ cạp có hai loại nọc: loại nhẹ chỉ làm đối phương choáng váng và loại mạnh đủ để giết chết kẻ thù. Có lẽ bọ cạp mất khá nhiều năng lượng cho loại độc này đến nỗi nó phải mất vài ngày mới hồi phục sau khi dùng hết số độc có sẵn.